衢州市总工会成立于1985年8月，下辖6个县（市、区）总工会、智造新城总工会和智慧新城总工会，104个乡镇（街道、开发区）总工会。市本级设三个驻会系统工会（市直机关工会、教育工会、财贸工会）和6个系统工会（交通系统工会联合会、国资系统工会联合会、住建系统工委、政法系统工委、卫健系统工委和文旅系统工委）。截至2025年12月，全市独立建会工会组织5248家，会员41.5万名。
       市总工会机关设有四部一室：办公室、组织宣教部、保障与女工部、经济工作部（劳动保护部）和财务资产部，下辖教育工会、财贸工会2个参公单位，职工服务中心和工人文化宫2个事业单位。